Το φουσιδικό οξύ δρα παρεμβαίνοντας στη σύνθεση βακτηριακών πρωτεϊνών, ειδικά με την πρόληψη της μετατόπισης της επιμήκυνσης του παράγοντα G (EF-G) από το ριβόσωμα. Επίσης, μπορεί να εμποδίσει και να αναστείλει την λειτουργία των ενζύμων της ακετυλοτρανσφεράσης της χλωραμφενικόλης.