H χλωροεξιδίνη είναι ένας αντιμικροβιακός παράγων, δραστικός έναντι ευρέος φάσματος Gram-θετικών και Gram-αρνητικών οργανισμών, ζυμομυκήτων, μυκήτων, ευκαιριακών αναερόβιων και αερόβιων. H χλωροεξιδίνη είναι κυρίως ένας “μεμβρανοδραστικός” παράγοντας που καταστρέφει την εξωτερική μεμβράνη των βακτηρίων. Eίναι ανενεργή σε σπόρια βακτηριδίων εκτός εάν οι θερμοκρασίες είναι υψηλές.