Δύο ένζυμα απαραίτητα για την αντιγραφή του DNA και τη μεταγραφή, DNA- γυράση και τοποϊσομεράση IV, έχουν αναγνωριστεί ως οι μοριακοί στόχοι των φθοριοκινολονών. Η αναστολή του στόχου προκαλείται από τη μη ομοιοπολική δέσμευση των μορίων φθοριοκινολόνης με αυτά τα ένζυμα. Οι διχάλες αντιγραφής και τα μεταγραφικά σύμπλοκα δεν μπορούν να συνεχίσουν πέρα από τέτοια σύμπλοκα ενζύμου-DNA-φθοριοκινολόνης, ενώ η αναστολή της σύνθεσης DNA και mRNA πυροδοτεί γεγονότα τα οποία οδηγούν σε ταχεία, εξαρτώμενη από τη συγκέντρωση του φαρμάκου καταστροφή των παθογόνων βακτηρίων. Ο τρόπος δράσης της ενροφλοξακίνης είναι βακτηριοκτόνος και η βακτηριοκτόνος δραστηριότητα είναι εξαρτώμενη από τη συγκέντρωση.