Η φορμαλδεΰδη είναι εξαιρετικά δραστικό βιοκτόνο, το οποίο αλληλεπιδρά με πρωτεΐνες, το DNA και το RNA διακόπτοντας κυτταρικές λειτουργίες. Υψηλές συγκεντρώσεις προκαλούν καθίζηση πρωτεϊνών δημιουργώντας κυτταρικό θάνατο. Επίσης, δρα σαν μεταλλαξιογόνος παράγοντας και ως παράγοντας αλκυλίωσης αντιδρώντας με καρβοξυλικές, σουλφυδρικές και υδροξυλικές ομάδες. Δεν είναι γνωστό, ακριβώς, ποιος μηχανισμός της φορμαλδεΰδης ευθύνεται για την παρασιτική αδρανοποίηση.